Windows MEはWindows 9xへのアップグレードであり、Windows 95およびWindows 98用のソフトウェアの大部分はWindows MEで動作します。 ウイルス対策プログラムやWindows 9x用に設計されたその他のユーティリティなどのソフトウェアは、Windows MEでは機能しない（またはうまく機能しない）ため、「大多数」と言います。 Windows MEでは、ファイル構造と構成ファイルが若干変更されています。 ただし、ゲーム、プログラム、その他のソフトウェアはWindows MEでは動作します。 ソフトウェアが機能しない場合は、それが機能することを可能にするアップデートが必要です。